黃唇魚自然保護區位于虎門鎮威遠島西南側，面積686公頃。

根據規劃，將黃唇魚自然保護區劃分為核心區、緩沖區和實驗區三個功能區，以此達到黃唇魚自然保護區建設力度、規范保護區管理。

黃唇魚自然保護區核心部位面積125.7公頃，占保護區面積19%。核心區為核心保護區域，需采取嚴格的保護措施，允許船只無害經過，禁止其他一切可能對保護區造成危害或不良影響的活動，經保護區管理機構批準后才進行調查觀測和科學研究活動。

緩沖區位于核心區的周圍，面積67.8公頃，占保護區總面積10%。緩沖區的作用是保護核心區免受外界的不良影響和破壞，起到一定的緩沖作用。緩沖區不得建設污染環境、破壞資源或者景觀的生產設施，經保護區管理機構批準后可以進行科學試驗、教學實習以及馴化、繁殖珍稀、瀕危野生動植物等活動。

實驗區位于緩沖區周圍，面積470.2公頃，占保護區總面積71%。實驗區內不得建設污染環境和破壞景觀的生產設施，經保護區管理機構批準后可以進入從事科學試驗、教學實習以及馴化、繁殖珍稀、瀕危野生動植物等活動。