我國水產種業已有了很大發展，但較種植業和畜牧業，無論是良種覆蓋率，還是種業企業方面，水產種業都很落后。水產種業未來發展的道路還很長，發展空間還很大，主要是向著以下幾個方向進行發展：

　　苗種選育領域的創新與突破

　　目前國內科研育種體制不完善，大部分政府育種項目研究都集中在高校和科研院所，企業能得到的資源很少。科研院所的育種項目之間基本上沒有合作，各自為戰。他們之間信息不交流，育種資源不共享，因而帶來的是社會公共資源支持的科研育種項目重復建設和嚴重浪費，科研效率低下。我國各種農業育種專業人員很多，遠遠超過世界任何一個國家的育種隊伍，但是效率和效益實在不高。

　　國外成功企業的經驗告訴我們，高效率的科研體系應該是目標明確，分工合理的商業化(或工廠化)科研育種體系。第一，科研與育種項目必須以市場為導向，而不是發表文章或評職稱。科研項目的確立是以市場價值和完成時效兩個維度為依據確定。它不應該受個人意志和偏好左右，同時應該量力而行。與此同時，還要建立不同科研項目優先次序的基本原則，以及與之相適應的內部資源協調與分配機制。第二，科研成果的評價依據，除了目前普遍重視的豐產性的標準之外，它還應該具備以下完全市場化的標準：廣適性;抗逆性;品質優良。一個產品不可能十全十美，也不可能具備以上所有特征，但是單純追求產量不僅僅不能夠滿足市場的需求，也會加大經營風險。第三，科研系統內部必須做到信息與資源的共享。包括：種質資源和育種材料評價標準的統一;數據的標準化和規范化;資源共享機制;建立標準化和持續不斷的工廠化流程等。第四，全面運用分子技術手段，提升傳統育種的效率。它包括分子標記輔助育種技術等。第五，科研分工清晰明確，各司其責。建立科學的分工和合作機制;責權利清晰;設立合理激勵機制。第六，科研體系必須是與產業化緊密結合。產品的市場定位;親本繁殖能力、穩定性和生產成本;品種審定與親本擴繁和商業化生產的無縫隙銜接。

　　水產種苗行業規模化及產業化路徑

　　隨著我國水產養殖業的發展，水產苗種市場需求不斷增多，水產種業也得到了快速的發展。但由于我國水產養殖場改制的推進，水產種業多為作坊式生產，導致水產種苗繁育也暴露出很多問題：A、種質及資源退化，親本更新速度緩慢，受經濟利益和成本的影響，作坊式苗種從業者用于魚苗繁殖的親本都是在本地收購和培育的，有很多所謂的親魚更換就是就地取材，在附近的水域或養殖場發現有個體較好的魚就收購一批來作為親本，近親和種質退化現象嚴重。B、苗種繁殖規模小，作坊式的苗種從業者大部分是起點低、規模小、從業人員素質低。有時因氣候和市場原因，緊俏時苗種銷售采取短斤少兩手段，增加了養殖戶生產成本，不利于整個行業的發展。C、苗種生產基礎設施陳舊老化產，苗種生產場要求具備一定的孵化設備設施、水源充足、水質潔凈、魚池配套等條件，作坊式的苗種從業者只重視眼前利益，沒有長遠發展的計劃，加之基礎設施的建設投入較大，根本沒有對苗種基地設施、設備改造的意識。因而形成了只使用、不建設和不提升的局面，導致大多數苗種場設備設施陳舊老化，落后于當今漁業發展步伐。D、產卵、孵化期間濫用違禁藥品，留下食品安全隱患，作坊式從業者不重視苗種質量，在繁殖過程中使用孔雀石綠等違禁藥品浸泡魚卵在叉尾鮰、黃顙魚繁殖環節中大量存在，留下商品魚食品安全隱患。E、苗種管理和質量監督不到位，苗種質量無保障。由于苗種從業者大部分為作坊式生產，數量多，水產苗種管理執法難度大，難以監管，未經許可或未申領生產許可證而從事苗種生產的單位和個人分散、地理跨度大，業務部門缺乏強硬的執法手段和措施，執法力度不能適應產業發展的需要。迄今為止，水產種苗生產和流通還基本處于自由狀態，苗種管理乏力，苗種質量難以保證。因此，從市場監管、質量保障和食品安全等多方面要求，水產種業的發展必須朝著規模化、工廠化發展。

　　苗種企業品牌化趨勢

　　任何一個行業的發展都會經歷一個從小規模到大規模，企業從小到大，最終由少數大型企業主導的過程，水產種業也不例外。2011年國務院發布了《關于加快推進現代農作物種業發展的意見》，確定了種業是國家戰略性、基礎性核心產業的重要地位，指明了現代種業發展方向，提出了構建以企業為主體，產學研——育繁推——科工貿一體化的種業發展新思路，無疑這也是水產種業一次非常難得的轉型提升良機，需要產學研共同把握、加速推動發展。因此，水產種業企業需抓住此次機遇，加強自主研發力度，重視質量和品牌，擴大生產規模，形成“育繁推”一體化的大型企業。水產種業企業自主培育水產新品種，依靠自身的組織生產銷售，獨立承擔風險，獨立享有利潤。最終發展為一個品種只有3-5家企業控制種質資源，壟斷供應苗種。挪威大西洋鮭和美國南非白對蝦的種質庫和苗種壟斷控制供應就是典型的例子。

　　未來種苗行業發展趨勢與政策支持

　　水產飼料企業做水產種業具有天然的優勢，因為飼料企業擁有很多的用戶及相關專業人才，并且積累了一定的資本。因此，未來水產種業中飼料企業將占據半壁江山，未來，飼料企業應該充分利用好自身資源，助推水產種業又好又快發展。在發展方向上，從企業成本和利潤空間來考慮，可控育種是未來育種發展的方向，以企業資金投入為主體的育種必須是可控的，不可復制的，這樣才能在保障企業利益的情況下，推動種苗行業健康可持續發展。

　　同時，水產種業的發展離不開政府的支持，政府應出臺發展水產種業的相關政策，包括種業規劃、提高組織化程度、品牌保護等制度，同時加大執法力度，嚴厲打擊水產種業違法行為。只需政府做好“裁判員”，無需政府投資，水產種業就會朝著好的方向發展。