有效率的過濾設備是一個干凈，健康，繁榮的水族魚缸的關鍵組件。家庭飼養觀賞魚類，植物，珊瑚和無脊椎動物的密度遠超過自然界，因此在生物的生長代謝過程中會產生大量的代謝廢物，加上食物殘餌，我們必須在其變為有毒物質前將其清除掉，保障魚缸內的生命安全。過濾器在各種各樣的構造過程中可為我們提供物理過濾、生物過濾和化學過濾，甚至可為水體補充被消耗的氧份。

　　過濾原理

　　過濾可分為物理過濾，化學過濾和生物過濾三種形式。三種形式既獨立有統一，共同完成整個過濾過程。

　　物理過濾：過濾的一種必要形式，可將水里的懸浮粒子從水中分離出來并清除掉。大多數過濾器濾材均能在某種程度上對水體進行物理過濾。 物理過濾濾材(如聚酯、濾水綿)效果非常好，可迅速隔離水中懸浮物質，使水質澄清。

　　化學過濾：主要起到控制并穩定水質的作用。 化學過濾濾材可除去水中的含氯成分，消除疾病處理后殘留的藥物，吸附和沉淀重金屬離子，調節硬度和PH值等。（水質各特性我們可以使用各種基本的試驗工具檢測得到）。各種市售的化學過濾濾材（活性碳及樹脂）可直接運用于化學過濾系統，為觀賞魚類和植物提供優良的生活環境。

　　生物過濾：

　　過濾系統的重要組成部分，近些年來，生物過濾的重要性越來越受到人們的重視，也是各國研究與開發的重點。在水族箱里生物的生長過程會產生大量的氮代謝產物，其中對魚類有毒害作用的有氨和亞硝酸鹽，必須將其清除和轉化成無毒成分，但物理和化學過濾都無法達到要求，只有應用生態平衡原理，通過生物過濾將有毒廢物降解。著名的生物過濾菌種有硝化細菌、光合細菌等。硝化細菌：能穩定良好的棲息于生物過濾濾材（如生化過濾綿、生物球和生化瓷環）中；并能利用氨和亞硝酸鹽兩種含氮化合物作為能源，將其降解為硝酸鹽（一種相對無毒的化合物）。硝酸鹽在日常換水管理中容易控制含量，或者被水生植物吸收利用。氮循環即氨和亞硝酸鹽和硝酸鹽之間的變換和硝化（如圖所示）。

　　硝化細菌在正常的生長代謝下可擔負這一重要的生態循環，但遇到以下兩種情況必須添加菌種重新培養：

　　1， 新魚缸沒有硝化細菌的存在，因此用新缸養魚缺乏定氮能力；

　　2， 治療魚病或長時間停電，導致硝化細菌大量死亡，魚缸自凈能力減弱
 
　　實際上硝化細菌分為兩類。第一類為Nitrosomonas，負責把水中的氨轉化為亞硝酸鹽；第二類為Nitrobacter，負責把亞硝酸鹽轉化為硝酸鹽。但我們習慣上把Nitrosomonas和Nitrobacter統稱為消化細菌（Nitrifying Bacteria）。消化細菌的繁殖周期為8小時左右。但我們必須理解到水中的化學成分、溫度、水體污染和溶氧等因素對硝化細菌的定氮效率是有影響的，因此保持穩定的溫度， PH 和水質對于水族箱內所有生物的繁衍就變得十分的重要。

　　光合細菌：光合細菌是具有原始光能合成體系的原核生物的統稱。光合細菌（photosynthetic bacteria,簡稱PSB），是一群能在厭氧光照或好氧黑暗條件下利用硫化氫為供氫體，以二氧化碳為碳源，進行光合作用，把硫化氫轉化為無害物質的微生物。同時也可凈化亞硝酸鹽和氨氮等有害物質，并提高溶氧量。光合細菌在水中繁殖時可釋放出具有抗病力的酵素，可提高觀賞魚和水生生物的抗病力，明顯減少發病率。光合細菌可作為觀賞魚的活性添加劑使用，它含有65%的蛋白質，氨基酸種類齊全，還含有豐富的B族維生素、生物素、輔酶Q等生理活性物質。可促進動物的生長發育，增強抗病能力，提高成活率。
光合細菌生命力較硝化細菌弱，因此培養時間相對要長一些。

　　幾種實用的過濾器：

　　基本分有缸內過濾器、缸頂過濾、缸外涌形過濾。

　　羅漢魚是一種吃得多拉得多的魚，缸內過濾效果有限；桶形過濾清潔麻煩；缸頂過濾有足夠過濾的空間，結構比較簡單，在過濾及清潔管理上容易達到效果。過濾的材料有：物理濾材、化學濾材和生物濾材。

　　這三種濾材的擺放次序一般是從缸頂過濾來比喻：頭三層是海綿物理過濾，第四層是化學過濾，第五層是生物過濾。（如圖示）

　　在清潔濾材時，只能清潔第一層或第二層的濾棉。因為過濾不單只是一個物理過濾，而且還能提供生物過濾效果，讓硝化菌在里面繁殖。清潔過濾器的要點是把大型的臟廢物從密封的系統中抽出來。減少系統的負擔。但必須要注意到這個清潔不能把有用的硝化菌洗掉太多。所以，在我們清潔過濾棉時，每次只把第一層或第二層的過濾棉洗凈，千萬不要把所有材料都洗，以免把大量硝化菌洗掉，影響系統里面的生物過濾平衡。