這些保護區分布于長江、黃河、黑龍江、珠江等水系的34條江河、20個湖庫，以及渤海、黃海、東海和南海的9個海灣、島礁、灘涂等水域生態系統。保護區的建立，擴大了對《國家重點保護經濟水生動植物資源名錄》物種的保護，更有效地保護四大家魚、中華絨螯蟹、大麻哈魚、帶魚、大黃魚、對蝦、海參、鮑魚、梭子蟹、芡實等上百種國家重點保護經濟水生動植物。一些江海洄游和江河湖泊洄游的水生生物資源得到保護。新納入保護的還有元江鯉、彭澤鯽等一些特有種質資源。這將在一定程度上保護上述物種產卵場、索餌場、越冬場、洄游通道等重要繁衍棲息水域，將緩解水域生態惡化趨勢，增強生物多樣性保護能力。