中國水產門戶網報道對加工工藝而言，粉劑含鹵消毒劑對下層水和含病原菌體較多的池底消毒效果不太理想；含鹵顆粒劑不易潑灑均勻，有可能造成局部劑濃度較大，使部分養殖動物受刺激過大從而產生不良影響，又有可能造成局部濃度較小，消毒效果不好。 
  �牐爴�報道，含氯、溴消毒劑在當水溫高于25℃時，按正常用量將含氯、溴消毒劑用于河蟹，會造成河蟹死亡（在室內做試驗則河蟹不會死亡），死亡概率在20－30％。在水質肥沃時使用，會導致缺氧泛塘。
    一、氯制劑
      氯制劑雖然殺菌效果較為理想，但它具有易揮發、有效時間短、對水產動物刺激性大、消毒力受有機物影響以及有致癌作用等缺陷。加上長期使用，導致使用量不斷加大，耐藥菌株與病毒變異加大，使人們對養殖疾病控制的難度加大。另外，含氯消毒劑易受水中酸堿度變化的影響，且對器具有腐蝕作用。人們研究發現氯制劑中含有的有效氯與水體作用生成各種鹵化物，產生多種不易揮發的鹵化有機物（如三鹵甲烷等），同時氯制劑與水中氨作用，生成氯胺，對水中病原體不但沒有滅活作用，且達到一定濃度后，對水生生物還有毒副作用。
      漂白粉：不得與酸類、福爾馬林、生石灰等混用。
      二氯異氰尿酸鈉，三氯異氰尿酸鈉：現配現用，宜在陰天傍晚施藥，避免使用金屬器具。保存于干燥、通風處。不能與酸、銨鹽、硫磺、生石灰等混用。
      二氧化氯：現配現用，藥效受有機物含量、光照等影響。不得使用金屬器皿盛裝，不宜與其他消毒劑混用。
    二、溴制劑
      水產常用溴制劑為二溴海因和溴氯海因，當海因類含溴制劑有效成份大于20％的，在水溫超過32℃時，若水體內三天累計用量超過200克／畝·米，會造成在脫殼期內的甲殼水生動物死亡。
    三、碘制劑
      碘制劑雖殺菌效果好，但易受光線、溫度、有機物含量的影響，易蒸發失效，與硫代硫酸鈉共用氧化脫色；與生物堿共用會變藍色；與龍膽紫共用療效減弱；與揮發油、脂肪油共用分解失效；與一些呋喃類藥物合用有拮抗作用；因此不宜與堿類、重金屬鹽類、硫代硫酸鈉、季銨鹽等混用；對冷水魚類有傷害，并可能致死。
      碘具有較強殺滅病毒的功能，但碘易揮發。
      聚維酮碘：缺氧、浮頭及天氣異常時禁用，光照、加熱條件下不穩定，不能用金屬容器盛裝，不能與強堿類物質及重金屬物質混用。
      季銨鹽碘：不可與其他陽離子表面活性劑合用，瘦水塘慎用。