在鈣反應器的頂部有一個進水口，水來自海水水族箱，水的流量極小，大約是2L／h～4L／h，可以用流量控制閥來控制，容器頂部的針式葉輪水泵將注入的二氧化碳CO2與水攪拌混合，并輸運到容器的底部，容器的中部放置有CaCO3，它在pH>7時不能溶于水，只有在酸性的水環境中才能溶于水。CO2溶于水中即變成碳酸，使水呈微酸性。

CO2+H2O→H2CO3

H2CO3 (碳酸)是一種弱酸，水泵將變成酸性的海水泵至容器底部，水又由底部進入CaCO3，HCO3 (碳酸)與CaCO3作用反應生成碳酸氫鈣Ca(HCO3) 2，此時海水的pH值降至6．5左右。

 CaCO3十H2O十CO2→Ca(HCO3) 2．

      Ca(HCO3) 2是易溶于水的，含有Ca(HCO3) 2的水由上部的出水口再流回到海水水族箱中使水族箱中的海水富含ca(HCO3) 2被海水生物吸收，又變成CaCO3成為生物的骨骼成分，被分解的CO2又被藻類吸收進行光合作用。

      CO2的輸入量是依靠pH值的檢測來控制的，它取決于水族箱的大小和生物對鈣的需求量。CO2輸入量應使鈣反應器中的pH值在6．5，而海水水族箱中的pH值不得下降到8．6以下的狀況。